1940
Незадолго до вспышки Второй мировой войны BMW получает во владение заводы Brandenburgische Motorenwerke в Берлине-Шпандау и фабрики в Басдорфе и Цюльсдорфе около Берлина.
Управляя 328'й в обтекаемом кузове, созданном из ультралегкого сплава алюминия и магния, Барон Фриц Хушке фон Канштейн (нем. Baron Fritz Huschke von Kanstein) побеждает в 1940 году в знаменитой гонке Mille Miglia со средней скоростью 166 километров в час, разгоняясь на прямых участках до 220 километров в час.
Следуя от истоков 132'й BMW и двигателей "Bramo", в 1940 году запускается серийное производство 801 авиационного мотора BMW. К концу Второй мировой войны свыше 20 000 этих 14-цилиндровых сдвоенных звездообразных двигателей были построены в Мюнхене, Аллахе, Берлине и Дюррерхофе, и все были оснащены типом механического компьютера для автоматической настройки.
1941
В 1941 году все оборудование для производства мотоциклов и проектная документация переданы в Айзенах из-за войны. Конвеер по сборке автомобилей BMW остановлен. BMW начинает производство военных мотоциклов R57 для Вермахта. Его 750-кубовый двигатель имел семь передач вперед и две задних реверсивных передачи. Двигатель крепился к раме мотоцикла болтами, что позволяло легко его демонтировать и обслуживать. Версии мотоциклов с коляской имели дифференцированный замок, гидравлические тормоза для коляски и запасное колесо сзади.
1942
Чтобы удовлетворить растущие запросы военного времени в 1942 году начинается производство ракетных двигателей на заводах в Басдорфе и Цюльсдорфе около Берлина. Хотя только небольшое количество этих двигателей используется, производство ракет - одна из причин, почему в 1945 году Байериш Моторен Верке (Bayerische Motoren Werke) закрыт и позже демонтирован.
1943
с начала 1940-ых, BMW активно развивает самый крупный когда-либо поршневой 28-цилиндровый 4-секционный авиационный двигатель 803 с двумя соосными контрротационными пропеллерами, т.е имеющими противоположные направления вращения. BMW 803 конструктивно выполнен из четырех рядов радиальных звездообразных двигателей и имеет базовую мощность 4000 л/с.
Также продолжается работа над инновационным 109-003 реактивным двигателем - одним из первых реактивных двигателей массового производства в мире. Реактивный двигатель 003 оснащен дизель-силовой газовой турбиной. Тесты 003 двигателей начинаются в октябре 1943 года на пикирующем бомбардировщике Ju88 Юнкерс. Продолжение испытаний пройдет 4-ого февраля 1944 полетом Arado 234V дальнего самолета разведки с четырьмя BMW 003 двигателями на борту.
1944
Воздушные авиа налеты разрушают Мюнхенский завод в 1944 году, но завод в Аллахе к концу войны фактически не пострадал. BMW начинает строить планы восстановления Мюнхенского завода. В то же время они тестируют ракеты на заводах в Басдорфе и Цюльсдорфе для усиления военной мощи вермахта.
К концу Второй мировой войны BMW находится в руинах. Заводы в Айзенахе и Дюррерхофе, в Басдорфе и Цюльсдорфе утрачены. Фабрика в Мюнхене демонтирована. Победившие Союзники вводят трехлетний запрет на производстве из-за причастности компании BMW к созданию двигателей для военной авиации и реактивных ракет.
1945
В середине 1945 года BMW получает разрешение начать восстанавливать американские армейские автомобили в Аллахе. И может также делать запасные части для сельскохозяйственных машины и велосипедов. Создан первый велосипед BMW с легкой алюминиевой рамой.
Первоначально используя запасные части, завод Айзенаха продолжает собирать автомобили BMW для нужд Советского контингента, но в 1951 вводится фирменный знак автозавода в Айзенахе Eisenacher Motorenwerke (EMW). Во главе EMW встает Советское предприятие с названием "Авто-вело". В 1952 году фабрика национализирована, и с 1955 года она начинает производство автомобильной марки "Wartburg".
В октябре 1945 года американские вооруженные силы демонтируют заводы BMW в Мюнхене и Аллахе. Это лишает BMW контроля над его имуществом в Мюнхене до 1949 года - в Аллахе американский контроль продлился до 1955 года. Почти все неповрежденные автомобильные производства демонтированы и отправлены как компенсации по всему миру, заводу в Мильбертсхофене (нем. Milbertshofen) в Мюнхене особенно трудно.
В последующие годы BMW не проявляет никакой активной деятельности.
1948
На Женевском автосалоне в 1948 году, британские автомобильные компании Arlington-Fraser-Nash и Bristol развивают лицензионные модели, созданные на платформах прежних BMW, так как BMW не может позволить себе что-либо производить после войны.
Утешением этому служит высокий спрос на мотоцикл BMW R24 с одно-цилиндровым двигателем объемом 247 см3 и 12 л/с. Проект конструкции первого послевоенного мотоцикла BMW готов уже к лету 1947 года и первый R24 розыгран в лотерее для служащих предприятия незадолго до Рождества 1948'ого. Первая серийная модель стандартного производства эффективно продается в стране, долго терпевшей лишения из-за войны и ее последствий.
1949
BMW вернулся снова: представление его первого мотоцикла с 1941 года в Нью-Йорке.
